侯氏一门忠烈，历经三代为官为将的沉浮，最终衰于侯愈(李晨 饰)之手，全因武后(钟楚曦 饰)掌控朝政，剥夺他的权势。多年来，朝中反对武后的大臣络绎不绝，更是从中做起了走私军械的勾当。侯愈沦为这些权贵派出的中间人，主要负责与王立德(杨皓宇 饰)交涉，共同建立一条航海渠道。

恰巧黑焰也盯上了王立德，威胁他奇劫这笔黄金。王立德深知黄金换军械牵涉朝中权贵，黑焰组织势力庞大且手段残忍，两方都不可贸然得罪，唯有求助于侯愈，未料竟是将自己送上死路。

侯愈将计就计，待王立德杀害所有船员后，又亲手将其杀害。尽管王立德跳海逃生，藏身小岛数日，终难逃一死。原本侯愈以为只要除掉王立德就能高枕无忧，没想到船上还藏有一名百济国的偷渡客。黑焰损失惨重，又因行踪暴露遭朝廷通缉，索性派出金桑(周铁 饰)冒充幸存者，企图陷害蓬莱的大人物。

随后，黑焰又故意遗落航海图，引诱狄仁杰(周一围 饰)等人出海。易司事因此露出马脚，侯愈干脆一不做二不休，将其勒杀，伪装成自杀。顾孟彬(栾元晖 饰)虽未知晓侯愈的秘密，但因恐惧步易司事的死，整日惶恐不安，可惜还是被侯愈射杀。

狄仁杰逐步揭示了侯愈的作案手法，对他为掩盖黄金真相而杀害多人的行为感到愤怒。侯愈声称自己这么做是为了天下苍生，唯有掌握黄金才能笼络朝臣、稳固仕途，防止妖后当道祸乱大唐。

侯愈有大才却无大德，终究走入歧途，他恳求狄仁杰给予活路，但狄仁杰犹豫不决令他逐渐心寒。因此，侯愈决定先下手为强，偷袭狄仁杰誓死一搏。狄仁杰招招防守，不愿伤及好友性命。最终，大浪袭来，马荣(凌孜 饰)和乔泰(姬他 饰)带着狄仁杰逃离此处，侯愈已然失去理智，抱着黄金葬身海底，而他何尝不是一个可怜人，沦为政斗的牺牲品。

随着黄金案的彻底告破，刘中使(翟小兴 饰)回京复命。狄仁杰向武后承诺从此不再有私贩的黄金。数日后，狄仁杰陪同曹安(王丽坤 饰)去寺庙上香，冒险攀爬峭壁为她采摘樱桃枝，赢得佳人笑颜。当晚，洪亮(尤勇智 饰)(尤勇 饰)在府中设宴款待曹安，为他们创造独处机会，但是曹安思虑片刻后起身告辞。

之后的日子里，蓬莱县衙经常接些无关紧要的小案。这天，有人投诉钟记质肆不给赎回典当之物，狄仁杰表示会查明缘由秉公处理。就在此时，县衙再次接到报案，据称有人亲眼目睹“僵尸”，而目击之人便是一名年纪尚幼的孩童。

在狄仁杰的询问下，孩童描述了自己与伙伴玩捉迷藏，误入一片芦苇沼泽，欲寻出路意外撞见漂浮于湖面的尸体，全身青紫且僵硬。狄仁杰带着马荣、乔泰来现场勘查，果然发现多处明显的血迹。

他们沿着血迹来到一座破败的谯楼，正前上方悬挂一尊硕大且干枯的鸟人——民间信奉的雨师像，因过于逼真显得极其荒诞恐怖。狄仁杰在二楼发现有人生活过的痕迹，转身就看见疯癫的年轻女子黄莺儿(杨雪 饰)。

一伙士兵们奉命在附近巡逻，狄仁杰得知李校尉(肖龙 饰)擅作主张命令士兵抬走尸体，便决定亲自见一见这个人。李校尉对于狄仁杰的到来不屑一顾，狄仁杰坚持要看尸体，没想到他早已将尸体焚毁。

与此同时，马荣和乔泰在士兵营帐里发现了春宫图。紧接着，他们听到外面的脚步声，急忙躲藏起来。几个约莫十几岁的童兵相互搀扶进了营帐，胸前后背受到严重的鞭挞军刑，却毫不后悔昨夜的行为，认为有所值得。