狄仁杰(周一围 饰)难以挣脱马镫，危急时刻，马荣(凌孜 饰)现身挥刀割断皮绳，与乔泰(姬他 饰)合力将其救下。随后，狄仁杰带着众人返回狄公府，惊讶地发现马荣已将府邸清扫干净。狄仁杰交代他们天黑后不可点灯，更不可喧哗，以免被发现府内藏人。

正殿一隅，摆放着狄父生前的雨龙剑。乔泰如获至宝，仔细端详，感叹自己若是命中注定丧命于刀剑，宁愿血洒此剑无悔余生。当夜，雷暴席卷长安，狄仁杰反思这一路获取线索太顺利，似是有人刻意引导。很快，狄仁杰在魏府发现魏无疾(张嘉益 饰)曾经的朱批，以及酒壶里能够自燃的㷋石。他突然想起贺大荆(王梓权 饰)的酒壶底部漏酒，味道异常，当时并未在意，现在看来，这一切竟是有人精心设局。狄仁杰独自去找魏无疾，指出他才是真正的幕后主谋。

魏无疾深受男权思想影响，对圣人纵容皇后涉政深感痛恶，认为是犯了阴阳颠倒之错。因此他欲借贺大荆之手，妄图引燃考场扰乱科举。然而，今年科举特设监察，酒壶不再被允许带入考场。为了防止贺大荆因贪酒误事，魏无疾在酒壶上抹了黄连，使其转道去鞠水楼饮酒。只要能够构陷皇后，制造天怒降祸的舆论，哪怕牺牲贺大荆也在所不惜。至于狄仁杰之所以能够活命，全因他在查案过程中起到至关重要的作用，那便是将矛头引向长孙卿(张晞临 饰)(张嘉益 饰)一派。

面对狄仁杰列出的种种证据，魏无疾坦然承认，直言武后(钟楚曦 饰)祸国殃民，倘若大唐落在她手里，后果不堪设想。魏无疾批评狄仁杰年轻气盛，唯新称是，但“新”并不代表好，反而意味着变革、混乱，乃至皇权交替，生灵涂炭。

时至今日，魏无疾对自己的所作所为毫无悔意，当即以身作燃，丧生于火海之中。而在另一边，大批黑衣人闯入内院，与洪亮(尤勇智 饰)(尤勇 饰)、乔泰展开激战。狄仁杰及时赶到，紧追一名黑衣人至山顶，震惊对方乃康执宜(言杰 饰)乔装。反观旁边站有一人，似等狄仁杰多时，而她不是别人，正是大唐皇后。

待狄仁杰醒来，得知自己昏睡三日，长安城发生翻天覆地的变化。康执宜在三司会审中招供，承认自己受长孙卿指使偷盗凤印，在他准备杀害雅馨(徐棵二 饰)之前，发现有人捷足先登，便仿照其相同作案手法，杀害了四名假传圣诏的羽林军士兵。圣人下令彻查长孙府，却始终没有找到凤印，念及长孙卿的皇亲国戚身份，目前尚未有任何定论。

目前长孙卿待在青龙寺，依言供奉三万贯香烛求安。圣人决定携皇后前去对质，众多大臣和百姓已将寺庙围得水泄不通，狄仁杰也位列其中。皇后提出亲自与长孙卿交涉，途经狄仁杰身旁时，投来一记意味深长的眼神。狄仁杰昏迷之前，曾与皇后面对面长谈，知她关心天下百姓，更是为达目的不择手段，以雅馨、康执宜等人为棋子对付长孙卿一派，其见识、智谋乃至狠毒都非比常人。皇后告诉狄仁杰有些事情并非天定，而在人为，只要他足够聪明看破真相，就能掌权主宰旁人命运。

长孙卿毫不掩饰地表达对皇后的厌恶，坚持认为天纲伦常高于一切。他坚信，如果不让天下人来评判是非，那就失去了公理。皇后再三确认长孙卿没有回旋之意，便目光坚定地等待着时机。随着周围的火光逐渐升温，青龙寺正上方的巨型蜡烛突然崩塌，凤印从中显露出来，令在场人无不震惊。

正如皇后所说，长孙卿及其党羽代表着腐朽的勋贵门阀势力，他们沆瀣一气，对大唐的未来构成了潜在威胁。他们不是皇后的敌人，而是整个大唐的敌人。最终，长孙卿败给了一个女人，这个女人在万民的眼中成为天选皇后，未来母仪天下。

明府命人给狄仁杰卸掉脚镣，让他仔细辨认了证物，同时提醒他若想在仕途上有所作为，日后休要再提魏无疾，以免惹来不必要的麻烦。狄仁杰进入了殿试的名单，由皇后亲自监考，当她看到狄仁杰写下一篇对“新”的文章，认定对方就是自己要寻找的良才。尽管狄仁杰没有科举高中，却谋得蓬莱县令(吴嵩 饰)之职，而他任命洪亮为参军，马荣和乔泰为随后，与他一同走马上任。