鞠水楼，一座由皇后亲笔赐匾的伎坊，忽在一夜之间被大火吞噬，九人中有八人丧命，唯独狄仁杰(周一围 饰)幸免于难，因此他成为了最大的嫌疑人。洪亮(尤勇智 饰)(尤勇 饰)发现狄仁杰彻夜未归，便与乔泰(姬他 饰)上街寻找，正巧看到狄仁杰被官兵一路拖拽至县衙接受审讯，急忙去找魏无疾(张嘉益 饰)求助。

明府逼迫狄仁杰签字画押，承认鞠水楼乃天灾，否则就认定他是放火凶手。狄仁杰联想前后事件，拒绝签字，坚称人祸所致。正当明府下令对狄仁杰施刑时，魏无疾出面作保，并透露狄父亲曾是左丞狄知逊(何中华 饰)。

有了这一层关系，明府自然不敢怠慢狄仁杰，但又担心他会趁机逃走，无法向圣人交代。魏无疾提出给狄仁杰戴上玄铁脚镣，以消除明府顾虑。最终，明府同意狄仁杰查案自证清白，需得每日汇报进展，并在一旬内找出真凶。

第一日，狄仁杰等人来到停尸房。八具尸体中有七具已成焦炭，反倒是雅馨(徐棵二 饰)尸身完整。除此之外，狄仁杰发现雅馨身上带有宫中钥匙，腰间香囊十分精致，绝非寻常百姓所能拥有，便立刻让乔泰和马荣(凌孜 饰)去调查购买这种香料的人。

随后，狄仁杰返回鞠水楼勘察现场，捡到已被烧毁且用于锁门的绳结，根据种种迹象，推测雅馨躲藏密室不及逃离而被浓烟熏死。乔泰查出香囊内装有没药檀香和郁金的混合物，皆是皇后最爱用的香料，由此可断定雅馨是皇后身边的司宝宫女。狄仁杰亲自前往金吾卫衙门告知这一发现，果不其然，皇后心腹将军康执宜(言杰 饰)前来确认其身份，传令彻查平康坊。

当夜，以长孙太尉为首的老臣们向圣人施压，雅馨监守自盗凤印，全因皇后失责，致使皇权旁落，并为歹人所利用害死忠良，整个朝野闹得人心惶惶。圣人心有顾虑，未做决断，皇后则在后宫敲木鱼静心神，全程一言不发。

转眼两日过去，直到第三日，鞠水楼仍有官兵把守，无法靠近。乔泰和马荣在街上搜集消息，马荣难改往日偷鸡摸狗的坏习惯，路过一些摊位总要顺手拿点东西，结果装了一整袋零食瓜果，令乔泰甚是无语。此时，狄仁杰独自在院子里喝酒发呆，脑海中浮现出贺大荆(王梓权 饰)的音容笑貌，心情异常沉重。这段时间以来，凡是皇后喜爱之物或人都陆续遭遇横祸，让大家不得不怀疑是天怒降罚，流言蜚语在长安城里传得沸扬。

魏无疾担心狄仁杰的安危，询问他的调查进展。狄仁杰不愿相信杂报上的消息，而是根据自己的所见所闻来分析情况。他认为皇后科举改新是为了打破门阀垄断，农事改新则是为了不再追究脱籍的流民之罪，可让他们就近落户，安排田产，民有所耕，地有所长，此举种种利在黎民百姓。

因此在狄仁杰看来，真凶是针对皇后的敌对势力中的人，这些人里势必不乏位居高位。魏无疾默认了狄仁杰的看法，同样说明其中利害关系，他们并非长安城真正的主人，稍有不慎就会祸及自身。

听到这些话，狄仁杰心中苦闷，回到房间将自己关了起来。马荣见状便摆好一盘糕点送过去，顺便向洪亮打听狄仁杰的身世，得知他从小就父母双亡，忽生同病相怜之感。洪亮虽是狄家忠仆，只知狄仁杰爱管闲事，具体想法尚不明了。

一场雷雨过后，城外蚕舍再次发生命案，四人在大火中丧生，似又触及天灾。狄仁杰带着马荣和乔泰前往现场围观，听闻仵作突发疾病不能前来，主动请缨检查，判断死者皆是男性，掌心老茧或为农夫，口腔干净说明死于火灾之前。

随后，狄仁杰在马荣的帮助下，从火场里找到令牌。明府制止狄仁杰继续查下去，小声提醒他火灾蹊跷，恐为神仙打架，意有所指。狄仁杰心如明镜，只好带着马荣和乔泰先行离开，郊外路边发现四匹高头大马，其中一匹马让他觉得眼熟，仔细回想后确定四名死者全是御林军。